Slabost naravne gradnje v primerjavi s konvencionalno je ta, da je relativno nepoznana in redka v zahodnem svetu. So pa po drugi strani trendi v prid naravni gradnji zelo močni. Počasi a vztrajno se naravna gradnja spet prebija v ospredje in to ne brez razloga, saj smo videli kako praktično na vseh področjih prekaša ostale oblike gradnje.
Kot slabost bi lahko omenili še dejstvo da ima naravna gradnja za marsikoga (neupravičeno) predznak primitivne, zaostale, srednjeveške, utopične gradnje. Razumljivo, saj živimo v družbi, ki poveličuje tehnološki napredek, vse staro pa velja za manjvredno.
Nekateri tudi zmotno mislijo, da je taka gradnja zelo draga.
“Slabost” je tudi, da se pri naravni gradnji ne obrača veliki kapital, saj ne obstajajo veliki svetovni proizvajalci ali gradbena podjetja, tako tudi nihče ne lobira za naravno gradnjo, redko kdo jo reklamira. Slabo ali nič je zastopana v izobraževalnem procesu, medijih itd. Čeprav le za drobec, poskuša ta manko zmanjšati pričujoča stran.
Nekateri tipi naravne gradnje (npr. kamnite stene ali skodlasta streha) potrebujejo precej ročnega dela. In ker se dandanes srečujemo s pomanjkanjem delovnih mest in zaposlitve, tudi to ni neka huda slabost, ampak morda celo prednost.
Kot za vse tipe gradenj, velja še posebej za naravno gradnjo, da optimalno funkcionira le, če je pravilno zgrajena. Naravni materiali so bolj občutljivi od umetnih glede pravilne vgradnje.
Za razliko od predelanih gradbenih materialov, ki pridejo iz tovarne vsi “enaki”, je potrebno biti pri uporabi naravnih materialih polj pozoren, saj so si med seboj raznoliki. Ilovica je na tej parceli naprimer drugačna kot na oni. Slama je letos na tej njivi takšna, na drugi njivi kakšno drugo leto pa drugačna…